饮料灌装机设备内部无菌环境的建立和维持，在无菌水冲瓶、无菌物料灌装和封盖设备上配置法国LACALHENE公司的微生物隔层和100级空气净化系统，根据不同区域的洁净度要求，设置不同的空气正压，即洁净度要求高区域的空气压力大于洁净度要求低的区域，使可能有污染的空气不会进入高洁净度要求的无菌空间。

目前用于无菌灌装的盖子杀菌方法有：喷雾法、喷冲法、紫外线照射法。选用杀菌可靠性较高的消毒液喷冲法对盖子进行灭菌处理，在杀菌保持时间上也留有充分的余地。

物料及物料通道的无菌处理。灌装用的物料采用超高温自动瞬时杀菌（简称UHT）设备进行灭菌，该方法既可以有效的对物料进行杀菌，又可以减少物料经过长时间受热，导致产品风味发生变化，是目前通用的效果好的物料灭菌方法，灭菌的效果可以确保达到商业无菌要求。